Nació en la ciudad de México en 1915, en el seno de una familia de origen centroeuropeo: su padre, Oscar Gerzso, había nacido en Budapest, Hungría; y su madre, Dore Wendland, era berlinesa. Al fallecer el padre de Gerzso en 1916, su madre se vuelve a casar y regresa a Europa. El joven Gunther vive en Lugano, Suiza, con su abuelo materno, Hans Wendland, discípulo del historiador de arte Heinrich Wolfflin y vendedor de obras artísticas. En casa de su tío, Gerzso conoce a varios escritores, críticos de arte y pintores, y entre ellos a Paul Klee. Esa fue la única educación estética que recibió.

En 1929, Gunther Gerzso estudia la preparatoria en Lausanne. Interesado en la nueva arquitectura, entra en contacto con el escenógrafo italiano Nando Tamberlani, quien lo impulsa a seguir una carrera de decoración.

En 1931, a raíz de la crisis económica, Hans Wendland vende su negocio de obras de arte. Gunther Gerzso regresa a México, donde vuelve a vivir con su madre, y se inscribe en el Colegio Alemán. En 1934 conoce a Fernando Wagner, actor, productor y director de teatro, quien utilizó los diseños del novel artista en el montaje de algunas obras de Moliere, Lope de Vega y Shakespeare, dirigidas por el propio Wagner, con lo que realiza sus primeras escenografías. En 1940, sin proponerse a seguir una carrera de pintor, Gerzso pinta un primer cuadro al óleo, dos mujeres que denotan cierta influencia de Carlos Orozco Romero. En 1941, prosigue con sus estudios en California y, al mismo tiempo, empieza a realizar escenografías para cine. Por fin vuelve a México en 1942, a los 27 años.

En las décadas de los cuarenta y cincuenta, Gunther Gerzo realizó más de ciento cincuenta escenografías para producciones cinematográficas mexicanas y extranjeras; trabaja con Luis Buñuel, Jhon Ford, Yves Allegret, entre otros, tales actividades fueron objeto de un homenaje póstumo al entregarle el "Ariel" especial, por su aportación al cine mexicano, en el año 2000. Al margen de su oficio, pinta casi en secreto cuadros al óleo inspirados por los surrealistas europeos que residen entonces en México: Benjamín Pret y Remedios Varo, Leonora Carrington, Wolfgan Paalen y Alice Rahón. Paulatinamente abandona la figuración de sus primeras obras. La influencia de los paisajes metafísicos del francés Yves Tanguy lo empuja en esa dirección: Gerzso pinta paisajes abiertos tratados como objetos geométricos.

En 1950, Inés Amor organiza una primera exposición de sus obras en la Galería de Arte Mexicano. Hasta 1962, sin embargo, Gunther Gerzso sigue trabajando como escenógrafo. En esta fecha decide dedicarse por completo a la pintura. En 1970, el Museo de Phoenix, Arizona, le dedica una exposición retrospectiva. En 1973, recibió la beca Guggenheim. Trabajador incansable, Gunther Gerzso expone periódicamente en la Galería de Arte Mexicano, en la ciudad de México, así como en Nueva York y en París.

A partir de 1955, el estilo propio de Gunther Gerzso es mas preciso, abandona rápidamente los paisajes abiertos, las confluencias de elementos disímbolos para componer con puros motivos geométricos. Utiliza cada vez mas una refinada técnica en la que mezcla el temple acabado al óleo, raspado y pulido (una técnica olvidada que emplearon en México Antonio El Corzo Ruiz y Juan O´Gorman); otorga a sus cuadros un fino acabado con múltiples transparencias (glacis). La textura máxima parece modelar el espacio y abre, como en Ciudadela, diversos planos en la tela.

El historiador del arte John Golding encuentra afinidades entre el cubismo de principios de siglo, el surrealismo y el arte prehispánico en la obra de Gunther Gerzso. Y Sobre esto comenta: "Creo que gracias a la aprehensión indirecta, sino inmediata, de los logros del cubismo, Gerzso consiguió crear obras inexorablemente uniformes y conscientes de la superficie y, al mismo tiempo, profundamente impregnadas de emotivos efectos espaciales, pese a que desde el principio los espacios que intentaba evocar tenían muy poco que ver o incluso no guardaban relación alguna con la profundidad limitada del espacio cubista".

Quizás la relación de Gerzso con el cubismo no sea tan evidente como la referencia implícita al futurismo a que aluden estas especies de visiones en picada vertical, como la imagen de diversos campos vistos desde un avión a 13 000 pies de altura que el artista -siguiendo de alguna manera la enseñanza de Delaunay- magnifica poéticamente. "Más que un sistema de formas -escribe Octavio Paz-, la pintura de Gerzso es un sistema de alusiones. Los colores, las líneas y los volúmenes juegan en sus cuadros el juego de los ecos y las correspondencias. Equivalencias y diferencias, llamados y respuestas. Pintura que no cuenta pero que dice sin decir: las formas y los colores que ve el ojo señalan hacia otra realidad. Invisible pero presente; en cada cuadro de Gerzso hay un secreto. Su pintura no lo muestra, lo señala.

Se valió de una gama sutil y variada de matices para pulverizar la monotonía, Gerzso suplantaba las certezas de la cotidianidad con la obra de arte. El preludio del sueño eterno del pincel de Gunther Gerzso fue un paisaje más del mundo en el que habitó su creatividad. A ese cuadro lo llamó Espejismo, porque al contacto con la luz, los colores de musgo tierno juegan a ser un manto azul, quizá como el mar, quizá como la tierra hacia donde el artista emprendió el viaje definitivo el 21 de abril en el año 2000, después de fallecer.

La exposición Gunther Gerzso. Una década, 1990-2000, se montó en la Galería López Quiroga, como homenaje póstumo al artista y su magnífica obra, con una colección de 68 pinturas "...donde el espacio se comió al tiempo".